Haukkalan säätiön perusti vuonna 2013 Haukkalan lastenpsykiatrisen hoitolaitoksen kannatusyhdistys ry. Se oli vuodesta 1954 lähtien tukenut valtakunnallisesti merkittävää pioneerityötä tekevää, Jyväskylässä sijaitsevaa Haukkalan lastenpsykiatrista hoitolaitosta. Kannatusyhdistyksen 50-vuotista historiaa esittelevä julkaisu on ladattavissa tästä.
Haukkalan lastenpsykiatrisen hoitolaitoksen tultua liitetyksi Keski-Suomen sairaanhoitopiiriin, kannatusyhdistyksen tehtäväksi jäi sairaalakoulun tukeminen. Sitä kävi erityisopetusta tarvitsevia oppilaita myös sairaalan ulkopuolelta. Tämänkin siirryttyä Keski-Suomen keskussairaalan yhteyteen kannatusyhdistys katsoi tehtävänsä tulleen täytetyksi. Yhdistys päätti vuonna 2012 käyttää hallussaan olevat varansa lasten hyvinvoinnin edistämistä koskevan työn jatkamiseen säätiön kautta ja perusti Haukkalan säätiön, joka on rekisteröity vuonna 2013 (Y-2545183-69).
Kannatusyhdistys nimesi jäsenet Haukkalan säätiön ensimmäiseen hallitukseen ja kutsui kannatusyhdistyksen hallituksen pitkäaikaisen jäsenen, Lea Pulkkisen, johtamaan ja valmistelemaan uuden säätiön perustamista. Kannatusyhdistyksen hallituksesta säätiön hallitukseen nimettiin myös Marja Heikkilä, Jari-Erik Nurmi († 2017) ja Anna Rönkä. Lisäksi Haukkalan säätiön perustajajäseniksi kutsuttiin Reija Alen (2013-2018), Kimmo Jokinen, Pekka Utriainen (2013-2015) ja Silja Ässämäki (2013-2016).